Oui, M. Penner est courageux et énergique, ses œuvres montrent le mouvement, la vie et la force ; C'est un peintre né et une grande race...

-Théodore Véron-, Salon de 1876

Penner est né le 28 mars 1836 à Mulhouse, en Alsace, dans l'est de la France. Issu d'une famille d'artistes, il était le frère jumeau d'Emanuel Benner, également peintre, qui a réalisé son portrait. Jan a commencé sa formation artistique avec son père, également appelé Jan Benner, un artiste d'origine suisse influencé par les maîtres hollandais qui travaillait exclusivement avec des dessins et des peintures de fleurs. Après avoir commencé sa formation auprès de son père, Jan étudie pendant une courte période avec Jan Eyck, participant à des séances du soir dans l'atelier suisse, qui était moins un atelier d'enseignement qu'un espace ouvert servant de modèle au jeune artiste pour étudier. Cet atelier est fréquenté par de nombreux autres artistes, comme Gustave Courbet. Jean Bénner poursuit sa formation à Paris, où il devient l'élève d'Ernest Hébert et de Léon Bonnat. Après quelque temps, Benner recherche une formation académique plus rigoureuse et s'inscrit ainsi dans les ateliers de l'École des Beaux-Arts d'Isidore Pils et Jean-Jacques Henner, deux artistes qui ont acquis une certaine réputation dans le monde de l'art parisien. Bells fut également lauréat du Prix de Rome et passa les années 1839 à 1844 en Italie, inspirant peut-être Penner lors de ses futurs voyages. Sous le Second Empire, Belz devient l'un des favoris des personnages importants du Second Empire et des liens se transmettent sans aucun doute aux artistes qui étudient avec lui. Jan et son frère jumeau Emmanuel ont suivi un parcours d'études très similaire, chacun étudiant avec son père, puis avec Jan Eyck, pour terminer à l'École des Beaux-Arts.

Les deux frères artistes commencent à travailler dans un style académique rivalisé par les artistes progressistes, mais qui reste répandu et respecté par les jurys des salons et le public de l'époque. Leur traitement des scènes mythologiques séduisait particulièrement les artistes et le public de la génération plus âgée qui cherchait à réserver l'art aux classes supérieures de la société, à l'écart des classes inférieures qui ne comprenaient pas nécessairement les histoires ou les images.

En 1866, tenté par l'île de Capri, il épouse la fille de son hôte, Margherita Pagano. Jusqu'à la fin de sa vie, il visita fréquemment l'île, ce qui devint pour lui une source d'inspiration majeure. Il est tout à fait approprié que Penner se préoccupe de décrire des sujets mythologiques idéalisés dans le style grandiose de la tradition académique.

Penner débute sa carrière publique au Salon de 1859, où il expose des fleurs. Ses premières œuvres montrent l'intérêt de Benner pour les natures mortes et les portraits, mais il convient de rappeler ses vues sur l'Italie, en particulier sur l'île de Capri.

Benner s'installe probablement à Capri entre 1867 et 1868, tout en continuant de résider avec son frère Emmanuel à Paris. En 1869, il revient à Paris et expose à nouveau au Salon, mais de 1870 à 1877, il partage son temps entre Capri et Paris.

Benner continue de présenter régulièrement ses œuvres au Salon, où presque toutes les expositions s'inspirent, au moins en partie, de ses voyages en Italie. En 1879, il est fait « hors compétition », ce qui lui permet d'entrer au Salon sans avoir à être accepté par un jury. Il est fait chevalier de la Légion d'honneur en 1894 et devient également membre de la Société des Artistes français.

À sa mort en 1909, Jan Benner s'était imposé comme un peintre académique sérieux qui collaborait régulièrement à des salons.

La plupart des œuvres de Benner se trouvent aujourd'hui au Musée des Beaux-Arts de Mulhouse, ainsi qu'au Musée d'Art et d'Histoire de Belfort.