Ja, de heer Benner is moedig en energiek, zijn werken tonen beweging, leven, kracht; Hij is een geboren schilder voortspruitend uit een groot ras...

-Théodore Veron-, Le Salon de 1876

Benner werd geboren op 28 maart 1836 in Mulhouse, in de Elzas in het oosten van Frankrijk. Hij werd geboren in een kunstenaarsfamilie en was de tweelingbroer van Emmanuel Benner, ook een schilder, wiens portret hij schilderde. Jean begon zijn artistieke opleiding bij zijn vader, ook Jean Benner (sr) genaamd, een kunstenaar van Zwitserse afkomst die beïnvloed was door de Hollandse meesters en die zich voornamelijk bezighield met tekeningen en schilderijen van bloemen. Na het begin van zijn opleiding bij zijn vader, studeerde Jean korte tijd bij Jean Eck, en volgde avondsessies in het atelier Suisse, dat niet zozeer een leeratelier was als wel een open ruimte waar een jonge kunstenaar een model kon bestuderen. Veel andere kunstenaars bezochten dit atelier, zoals Gustave Courbet. Jean Benner vervolgde zijn opleiding in Parijs, waar hij les kreeg van Ernest Hébert en Léon Bonnat. Enige tijd later zocht Benner een meer rigide, academische opleiding en zo kwam hij terecht in de ateliers van de École des Beaux-Arts van Isidore Pils en Jean-Jacques Henner, twee kunstenaars die bekendheid hadden verworven in de Parijse kunstwereld. Pils ontving ook de Prix de Rome en bracht 1839-1844 in Italië door, wat Benner wellicht inspireerde voor zijn toekomstige reizen. Tijdens het Tweede Keizerrijk werd Pils een favoriet van belangrijke leden van het Tweede Keizerrijk, banden die ongetwijfeld doorwerkten naar kunstenaars die bij hem studeerden. Jean en zijn tweelingbroer Emmanuel volgden een vergelijkbaar studietraject, elk bij hun vader, vervolgens bij Jean Eck, om te eindigen aan de École des Beaux-Arts.

De twee kunstenaarsbroers begonnen beiden te werken in de academische stijl die door progressieve kunstenaars werd uitgedaagd, maar die in deze periode nog steeds gangbaar was en gerespecteerd werd door Salonjury's en het publiek. Hun behandeling van mythologische taferelen sprak vooral kunstenaars en het publiek aan van een oudere generatie die kunst voor de hogere echelons van de maatschappij wilde behouden, en weg van de lagere klassen die de verhalen of de voorstellingen niet noodzakelijkerwijs zouden begrijpen.

In 1866 werd hij verleid door het eiland Capri en trouwde hij met de dochter van zijn gastheer, Margherita Pagano. Tot het einde van zijn leven bracht hij regelmatig een bezoek aan het eiland, dat een belangrijke bron van inspiratie voor hem werd. Passend daarbij raakte Benner geïnteresseerd in het afbeelden van geïdealiseerde mythologische onderwerpen op de grootse manier van de academische traditie.

Benner begon zijn openbare carrière in de Salon van 1859, waar hij Fleurs (Bloemen) exposeerde. Uit zijn vroege werk blijkt Benners belangstelling voor stillevens en portretten, maar hij moet vooral worden herinnerd aan zijn gezichten op Italië, vooral dat van het eiland Capri.

Vermoedelijk tussen 1867 en 1868 vestigde Benner zich op Capri, hoewel hij nog steeds regelmatig bij zijn broer Emmanuel in Parijs logeerde. In 1869 was hij naar Parijs teruggekeerd en exposeerde hij opnieuw in de Salon, maar van 1870 tot 1877 verdeelde hij zijn tijd tussen Capri en Parijs.

Benner bleef zijn werk regelmatig inzenden voor de Salon, bijna elke tentoonstelling ten minste gedeeltelijk geïnspireerd door zijn reizen in Italië. In 1879 werd hij "hors concours", wat hem toegang verschafte tot de Salon zonder de noodzaak van jury aanvaarding. In 1894 werd hij benoemd tot Chevalier de la Légion d'Honneur en werd hij ook lid van de Société des Artistes Français.

Tegen de tijd van zijn dood in 1909 had Jean Benner zich gevestigd als een serieuze academische schilder die regelmatig bijdragen leverde aan de Salons.

Het grootste deel van Benner's werk bevindt zich nu in het Mulhouse Musée des Beaux Arts, evenals in het Musée d'Art et d'Histoire in Belfort.