Jean Baptiste Clésinger kreeg zijn artistieke opleiding van zijn vader, Georges-Philippe Clésinger, een beeldhouwer in de academische traditie. Deze laatste nam hem zes jaar lang mee naar Rome, waar hij een leerling werd van de neoklassieke Deense beeldhouwer Bertel Thorvaldsen, die een blijvende invloed had op zijn werk. In 1839 studeerde hij korte tijd onder David D'Angers voordat hij op reis ging doorheen Europa.

In 1843 debuteert Clésinger op het Salon met een marmeren beeld van de Burggraaf Jules de Valdahon, waarna hij zich specialiseert in portretbustes en monumentale ruiterstandbeelden. Op het Salon van 1847 creëerde hij een sensatie met zijn ‘Vrouw gebeten door een slang’, gemaakt door rechtstreeks een mal te nemen van zijn model Apollonie Sabatier (de pose was bijzonder geschikt voor dergelijke werkwijze) en creëert zo een schandaal met een erotische dimensie. Appolonie Sabatier, het model, was een “salonnière” en de maîtresse van Charles Baudelaire. De erotiek, de onfatsoenlijkheid en de realisatie op basis van een mal genomen op een levend model werden aan de kaak gesteld. Na hevige kritiek op zijn "François 1 te paard", in opdracht van het Louvre, maar al snel door dit museum geweigerd, vestigde hij zich in Rome en keerde daarna terug naar Parijs. Zijn reputatie verbeterde: zijn bustes van persoonlijkheden en kunstenaars, zijn allegorische en mythologische composities en zijn beelden van dieren werden geprezen. In 1849 ontvangt hij het ridderkruis van het Légion d'honneur en in 1864 wordt hij officier van deze orde. Bij de dood van de componist-pianist Frédéric Chopin op 17 oktober 1849 maakte Clésinger het dodenmasker van Chopin en een afgietsel van diens handen. Hij maakt in 1850 ook het witmarmeren beeld van Euterpe, de muze van de muziek, voor het graf van Chopin op de begraafplaats Père Lachaise, in Parijs.

Clésinger's prachtige marmerwerken werden later teruggebracht tot een kleinere schaal om in brons te worden gegoten door Barbedienne of Susse. Strikt genomen kan men Clésinger geen dierenbeeldhouwer noemen, hoewel hij dieren voortreffelijk kon afbeelden. Voorbeelden hiervan zijn “jong hert” (1846), “Romeinse stier” (1859) en “het gevecht van de Romeinse stieren” (1864). In 1868 en 1870 organiseert hij openbare veilingen van zijn eigen werk, waarbij zijn eigen artistieke succes te gelde maakt. Soms verzorgde hij de afgietsels van zijn eigen werk. Hij gebruikte ook de Marnyhac-gieterij in Parijs.

Clésinger was zonder twijfel een instinctieve, sensuele beeldhouwer en een uitstekende ambachtsman die door velen, waaronder de dichter en criticus Charles Baudelaire, werd bewonderd. Hij stierf op 5 januari 1883 op 68-jarige leeftijd.

Zijn werk had een sterke invloed op andere beeldhouwers, die onder invloed van Clésinger het vrouwelijk lichaam meer realistisch en natuurlijker begonnen weer te geven.